Vào mùa xuân năm 552, sau khi hay tin Tiêu Dịch tấn công Hầu Cảnh (song không biết tướng Vương Tăng Biện của Tiêu Dịch khi đó đã đánh bại Hầu Cảnh và chiếm Kiến Khang), Tiêu Kỉ đã bình "thất huynh của ta [tức Tiêu Dịch] là một văn sĩ, Làm sao huynh ấy có thể thành công về quân sự?" Vào thời điểm đó, do thấy hoa nở từ các cột trụ trong phủ, và tin rằng đây là một dấu hiện được thần thánh phù trợ, Tiêu Kỉ đã xưng đế. Khi các thuộc hạ là Vương Tăng Lược (王僧略, huynh đệ của Vương Tăn Biện) và Từ Phanh (徐怦) phản đối hành động này, ông đã giết chết họ. Hành động này của ông đã khiến cho Tiêu Huy (蕭撝)-- người được Tiêu Kỉ phong là Tần quận vương—thở dài và nhận xét rằng việc giết người tài giỏi là dấu hiệu của tai họa sắp xảy đến. Trong khi đó, Tiêu Kỉ cũng triệu Lưu Phan đến, có ý định biến Lưu Phan làm người của mình, song Lưu Phan đã từ chối và cương quyết đòi trở về với Tiêu Tuần, Tiêu Kỉ cuối cùng đã nhượng bộ. (Ngay sau đó, Nam Trịnh đã rơi vào tay Vũ Văn Thái.) Tiêu Kỉ đã phong Tiêu Viên Chiếu làm thái tử và phong những nhi tử khác của ông làm vương.

Tiêu Viên Chiếu ở Bạch Đế thành đã cố ý thông tin sai cho cha rằng quân của Tiêu Dịch đang bị quân của Hầu Cảnh đánh bại. Do đó, Tiêu Dịch đã hành quân từ Thành Đô nhằm đối đầu với Hầu Cảnh. Ông để Lưu Huy (蕭撝) và nhi tử là Nghi Đô quận vương Tiêu Viên Túc (蕭圓肅) lưu thủ Thành Đô. Đáp lại, Tiêu Dịch đã cho khắc hình Tiêu Kỉ vào một bảng gỗ, và đích thân đóng đinh vào để nguyền rủa Tiêu Kỉ. Tiêu Dịch cũng phái các tù binh nguyên là quân của Hầu Cảnh đến chỗ Tiêu Dịch để thể hiện rằng Hầu Cảnh đã bị đánh bại. Tuy nhiên, Tiêu Viên Chiếu đã bắt các sứ giả và tù nhân của Tiêu Dịch và tiếp tục cung cấp cho cha mình các thông tin sai, vì thế Tiêu Kỉ đã cho tăng tốc hành quân. Tiêu Dịch lo sợ trước khả năng của Tiêu Kỉ nên đã thỉnh cầu Tây Ngụy tấn công Tiêu Kỉ từ phía sau. Vũ Văn Thái cho rằng có thể đoạt lấy Ích châu nên đã phái Uất Trì Huýnh đem quân đánh Ích châu. Cả Dương Pháp Sâm và Dương Can Vận đều hàng Tây Ngụy, và Uất Trì Huýnh nhanh chóng tiến đến Thành Đô và bao vây thành.

Tiêu Kỉ đã phái Tiều Yêm quay trở về Kiến Khang để cố giải vây, và nay thì ông đã nhận thức được rằng Hầu Cảnh đã bị tiêu diệt. Ông quở trách Tiêu Viên Chiếu, song vẫn quyết định tiến về phía đông để tấn công Tiêu Dịch (nay đã xưng đế, tức Nguyên Đế), bất chấp ý nguyện quay trở về Thành Đô để cứu viện của binh sĩ. Ban đầu, Tiêu Kỉ đã thắng được bộ tướng Lục Pháp Hòa (陸法和) của Tiêu Dịch, và ông đánh xuyên qua Tam Hiệp. Tiêu Dịch đã viết thư cho Tiêu Kỉ, đề xuất hòa bình và hứa để Tiêu Kỉ tiếp tục giữ Ba Thục và có quyền hành động giống như đế vương tại đó. Tuy nhiên, Tiêu Kỉ đã từ chối, song đến khi hay tin Thành Đô có nguy cơ thất thủ và bị quân của Tiêu Dịch ngăn cản, Tiêu Kỉ đã cố gắng chấp thuận hòa bình. Tuy nhiên, vào lúc này, Tiêu Dịch đã nhận thức được các khó khăn của Tiêu Kỉ, do đó đã từ chối hòa bình. Tuy nhiên, bất chấp việc đang ở trong tình thế khó khăn, Tiêu Kỉ đã từ chối phân phát khối tài sản đáng kể của ông cho binh lính để khuyến khích họ chiến đấu, kết quả là nhuệ khí của họ suy giảm.

Vào mùa hè năm 553, các bộ tướng của Tiêu Dịch là Vương Lâm, Tạ Đáp Nhân (謝答仁), và Nhâm Ước (任約), đã đánh bại hậu quân của Tiêu Kỉ và cắt đứt đường rút lui của ông, buộc Tiêu Kỉ phải tiếp tục tiến về phía đông. Bộ tướng khác của Tiêu Dịch là Phàn Mãnh (樊猛) đã tiêu diệt đội quân còn lại của Tiêu Kỉ và bao vây thuyền của ông để ngăn ông trốn thoát. Tiêu Dịch đã phái một mật chỉ cho Phàn Mãnh: "Nếu người đó vẫn còn sống, sẽ không có thắng lợi." Do đó, Phàn Mãn đã lên tàu của Tiêu Kỉ, Tiêu Kỉ đã ném một túi vàng vào Phàn Mãnh, hét lên "Hãy để ta thuê ngươi với số vàng này -- đưa ta đến chỗ thất huynh của ta." Phàn Mãnh đáp lại: "Làm thế nào mà ngươi có thể gặp được Thánh thượng? Nếu ta giết ngươi, số vàng này sẽ đi về đâu?". Phàn Mãnh tiến gần đến chỗ Tiêu Kỉ và giết chết ông. Tiêu Viên Mãn (蕭圓滿) đã cố bảo vệ cha cho đến lúc cuối, và cũng bị giết. Sau khi Tiêu Viên Chính từ chối tự sát, Tiêu Dịch đã bỏ đói Tiêu Viên Chính đến chết, và bắt giữ các nhi tử còn lại của Tiêu Kỉ. Tiêu Dịch cắt bỏ dòng của Tiêu Kỉ ra khỏi hoàng thất, và cải tính của Tiêu Kỉ thành Thao Thiết (饕餮, nghĩa là "tham ăn").